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教育背景:

2010.1- 2011.7 中国科学院水生生物研究所博士研究生 导师: 李仁辉研究员 研究方向: 蓝藻基因组学
2009.1- 2010.1 柏林马普分子遗传研究所(Max Planck Institute for molecular genetics)访问学生 导师 Prof. Martin Vingron & Dr. Stefan Haas. 研究方向: 比较基因组学
2006.9- 2008.6 中国科学院水生生物研究所硕士研究生 导师: 李仁辉研究员 研究方向: 水华蓝藻分子多样性
2002.9- 2006.7  福建师范大学生命科学学院 生物科学专业 导师: 庄惠如 教授 研究方向: 饵料藻类育种及水产应用

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EDUCATION

2010.1 - 2011.7 Doctrol research in Harmful Alga Group, Institute of Hydrobiology, CAS, supervised by Prof. Renhui Li.
2009.1-2010.1 CAS-MPG sponsored visiting research in Computational Biology Department,Maxplanck Institute for Molecular Genetics (Berlin), supervised by Prof. Martin Vingron and Dr. Stefan Haas.
2006.9- 2008.6 Master research in Harmful Alga Group, Institute of Hydrobiology, CAS,  supervised by Prof. Renhui Li.
2002.9- 2006.7 Bachelor Degree majoring in Biology Science, Colledge of Life Sciences, Fujian Normal University. Supervised by Prof. Huiru Zhuang.

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PUBLICATIONS
printable PDF (Abstract pdf)

Lin S, Wu ZX, Yu GL, Zhu ML, Yu BS, Li RH. 2010. Genetic diversity and molecular phylogeny of Planktothrix Oscillatoriales, cyanobacteria) strains from China. Harmful Algae. 9(1): 87-97 [pdf]

Lin S, Shen JZ, Liu Y et al., 2011. Molecular Evaluation on the Distribution, Diversity and Toxicity of Microcystis (Cyanobacteria) Species from Lake Ulungur -- an Increasingly Eutrophicated and Brackish Desert Lake in Xinjiang, China. Envirnmental Monitoring and Assessment, 175:139-150[pdf]

Lin S, Haas S, Zemojtel T, Xiao P, Vingron M, Li RH. 2011. Genome-wide comparison of cyanobacterial transposable elements, potential genetic diversity indicators. Gene, 473:139-149 [pdf]

 

Lin S, Peng X, Wu ZX, Li RH. 2008. Physiological characteristics of Planktothrix agardhii-A new taxa of bloom cyanophyta in China. Journal of Lke Science. 20(4): 437-44. (in Chinese) [pdf]

Lin S, Zhuang HR, Gao RC, Chen R, 2005. Growth Effect of Laser on Different Bait-Microalgae. Applied Laser. 25(25): 193-196 (in Chinese)[pdf]

Wu ZX, Shi JQ, Lin S et al., Unraveling molecular diversity and phylogeny of Aphanizomenon (Nostocales, Cyanobacteria) strains isolated from China. Journal of Phycology. [pdf]

Wenhua Tan, Yang Liu, Zhongxing Wu, Shen Lin et al., 2010. cpcBA-IGS as an effective marker to characterize Microcystis wesenbergii (Komárek) Komárek in Kondrateva (cyanobacteria). Harmful Algae. [pdf]
Zheng MS, Zhuang HR, Gao RC, Chen R, Lin S. The Research of Activating Bait-Algae by Using Laser. (in Chinese)

Tian J, Song BY, Lin S, et al., Removal of colonial Microcystis aeruginosa using two kinds of modified clays. Journal of Lake Science. 21(5):669-674 (in Chinese)

Zhuang HR, Chen R, Huang JZ, Lin S. 2009. The Research of Rejuvenation and Mechanism on Isochrysis Zhangjiangensis Induced by Laser. Acta Photonica Sinica. 38(4): 911-917 (in Chinese)

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第四章節 基于基因组水平的水华蓝藻转座元件系统多样性

Supplemental File 1 An information list of cyanobacterial IS elements in this study.

Supplemental File 2
Containing the items as follows:
Supplemental table S1. The basic proprieties of nucleotide probes used in this study.
Supplemental figure S2. The frequency distribution of IS and MITE elements in cyanobacteria.
Supplemental figure S3. The linear correlation between the frequencies of IS elements and of MITEs.
Supplemental figure S4. The insert element map portrayed in the circular or man-made circular (a combination of contigs) chromosome of fourteen cyanobacterial genomes.
Supplemental figure S5.The relationship between the genome size and the frequencies of IS, P-intact and N-intact IS elements.

 

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博士論文致謝

回首二十载寒窗，五年硕博路，时光飞逝，往昔历历在目。蓝藻水华、束毛藻、浮丝藻、微囊藻、测序、荧光定量、 转座元件、比较基因组、柏林马普、控温楼、新疆乌伦古、太湖、 滇池、洱海、南海航次 水生所的五年被光阴浓缩成一条条关键词，供我不断去追忆，去回味，去检索。仿佛就在昨天，我踏上北上的列车来到武汉，也就在明天，我将抖擞精神，开始人生新的旅程，实现自己新的目标，雄关漫道真如铁，而今迈步从头越 1，毕业是终点更是人生崭新的起点。值此人生转折，我谨向养育我的父母致以我由衷的感激。

父兮生我，母兮鞠我。拊我畜我，长我育我，顾我复我，出入腹我2，温馨和睦的家庭是我走到今日的支撑，是我心中最大的慰藉，我爱你们。 出余自幽谷, 迁我于乔木3。感谢我的导师李仁辉研究员， 五年前您不拘一格，以最大的信任为我推免入所不遗余力；五年间，和您数不清的促膝长谈， 论学术， 聊人生。您厚实的羽翼呵护着有害藻类学科组从小到大，您循循善诱却不循规蹈矩，灵活且自由的学术氛围给予我宽广的思维发散空间。感谢您屡屡对我提出的合理不 合理请求，都给予了包容和更多的肯定。您渊博的专业学识， 指引我前行的方向；乐观的生活态度，教会我做人做事的道理；博大的胸怀，给予我最无私的关怀和帮 助。水生所的五年，我学到了很多，您的关爱我会铭记于心。

同样的感谢献给我的合作导师马普分子遗传研究所Vingron 教授，在您组里的这一年为我的人生留下绚烂华丽的回忆，感谢您给予我放眼世界，走进我热爱的生物信息学的机会。您的风度、博识、幽默让我真切的领略到真正的大家风范。感谢我的我的科学启蒙导师福建师范大学庄惠如教授。您在本科期间的精心教导为我之后的科学探索奠定了基础，这些年来每每和您交流，您的睿智、从容、淡定总能让我远离骄躁，保持一份淳朴平和。

感谢组内吴忠兴、虞功亮、 彭欣、向贤芬四位老师，感谢你们五年来科研学业及生活上的关照。感谢实验室朝夕相处的伙伴们：余博识、刘洋、杨丽、徐瑶、肖鹏、谭文华、邵继海、王中杰、吴幸强、蒋永光、朱梦灵、王捷、宋高飞、潘倩倩、田娟、陈友信、李阿姨等，感谢各位一直以来给予的理解、支持、宽容和帮助。 感谢所人教处胡兴跃处长以及冯玺、刘克奋、查梅、廖彩萍等几位老师的支持。

感谢德国马普所帮助过我的朋友们，带我走近信息学的Haas博士，您的坚毅给我信心；感谢Zemojte博士对转座子课题的积极有益的讨论和建议，您对科学敏锐的视角让我崇拜；感谢Barbara, Ricardo, Christian, Roman, Helge,倪晟宇，孙如平，张琴等，你们让我体味到科研和生活相容的乐趣。特别感谢Lopez和Yves两位博士对科学对生活经历的分享，咖啡屋的交谈充实且愉快。

感谢我的科研伙伴们，你们对知识无私的分享让我知道分享与收获同样是快乐的源泉。我所何舜平研究员学科组陶文静同学一直来的有求必应，童超波博士在转 座元件以及新基因起源研究的讨论， 李志强博士和库喜英在分子系统进化及群落遗 传学方面的经验分享；水生所宋立荣研究员学科组郑凌凌老师，甘南琴博士在藻种培养及毒素测定方面提供的大力支持；藻类基因组学科组李涛博士在全基因组数据分享及生物信息学技术探讨中提出的有益见解；崔宗斌研究员学科组厉洁等提供的 分子生物学技术分享。感谢深圳大学胡章立教授学科组罗文怀同学，雷安平博士在DGGE操作上的指导；天津工生所宋江宁研究员在机器学习及数据区分方面的探讨； 厦门大学林昕同学在DNA CTAB提取方法上的有益建议。

感谢野外考察中给予帮助的各位同事，新疆乌伦古湖采样：华中农大沈建忠教授，刘宇，李宏，上海水大李其根教授；南海航次： 南海所宋星宇、 朱海滨、 王秀 芬、 周林斌、连喜平同学，厦门大学王斌同学。感谢以下国际友人为我科研道路上荆棘的扫除，给予的及时且不厌其烦的援助，法国ISFinder数据库的Mick Chandler教授，您在转座子课题上的批评和建议是这个课题得以继续和完善的动力；美国乔治亚大学(UGA)周丰丰博士在转座元件及MUST 软件方面的探讨,英国剑桥Sanger中心的Carver博士在基因组做图上的指点。

感谢我的女友江舒，我们守着距离拉成的相思，温柔着彼此的言辞4，你的关爱是我前行的动力，愿你笑靥灿如珞珈粉樱，甜美永远。

最后对所有关注并给予我关爱的亲人、师长、领导及朋友们致以我诚挚的敬意。感谢你们一路相伴照应，有你们的日子我真的很快乐， 谨祝好人一生平安。 博士论文得到以下基金课题的直接资助，在此一并感谢：国家自然科学基金海洋蓝藻束毛藻的分子多样性和分子定量(40876071)；中科院百人计划(055102-1-501)；淡水生态与生物技术国家重点实验室基金(2007， 2011)；中科院研究生院社会实践 与创新项目(2007)；中科院德国马普协会联合博士生培养奖学金项目。

于 武汉 东湖 二零一一年，樱花季

注： 1.毛泽东《忆秦娥-娄山关》； 2.《诗经-小雅-蓼莪》； 3.《诗经-小雅-伐木》； 4.曾轶可《最天使》。